6 marca 1454 r. miała miejsce inkorporacja Prus do Korony Królestwa Polskiego, kiedy to wytyczono granice ostatecznie zatwierdzone postanowieniami pokoju toruńskiego.
Zachodnia część państwa krzyżackiego została nazwana „królewską częścią Prus” inaczej też Prusami Królewskimi. W ich granicach znalazło się Pomorze Gdańskie z ujściem Wisły, Powiśle z Żuławami i Elblągiem, ziemia chełmińska oraz Warmia. Zakon nadal posiadał władzę nad wschodnią częścią Mierzi Wiślanej i Zalewu Wiślanego, co znacznie utrudniło rozwój morskiej żeglugi w Elblągu. Przez pewien czas istniał podział administracyjny uwzględniający województwo elbląskie, ale już od 15 czerwca 1467 r. w zapisach historycznych widnieją tylko wojewodowie malborscy.
Elbląg stał się wówczas miastem powiatowym o najmniejszej powierzchni. Wraz z terytorium na wschód od rzeki Elbląg i północono – wschodnią częścią województwa, miasto podlegało diecezji warmińskiej. Kazimierz Jagiellończyk powołał na terenie Prus urzędy na wzór koronnych, z czasem ukształtował się w Prusach Królewskich, swego rodzaju, samorząd terytorialny, którego pierwowzorem był Związek Pruski i sposób jego funkcjonowania. Od 1526 r. istnieje sejmik generalny Prus Królewskich, który w 1569 r. stał się tylko sejmikiem prowincjonalnym. Tworzyła go przede wszystkim Rada Pruska, w skład której wchodzili biskup chełmiński, biskup warmiński trzech wojewodów (chełmiński, malborski, pomorski), trzech kasztelanów (chełmiński, gdański i elbląski) oraz po dwóch przedstawicieli głównych miast pruskich: Gdańska, Elbląga i Torunia. Na czele Rady stał biskup warmiński, zwany też „prezesem” ziem pruskich. Najczęściej zwoływano ją w Elblągu, Malborku i Grudziądzu, przeważnie dla ustalenia nowego podatku dla króla, bądź ewentualnej pomocy w razie prowadzenia przez niego działań wojennych.
16 marca 1569 r. Zygmunt August wydał dekret, na mocy którego przedstawiciele Prus Królewskich mogli zasiadać w sejmikach Rzeczpospolitej, oznaczało to, że najbogatsi i najbardziej potężni oligarchowie pruscy mogli mieć, od tej pory wpływ na decyzje podejmowane przez Koronę, zachowując własną autonomię. Dekret postanawiał jednocześnie, że „królewska część Prus” zostanie prowincją polską. Z czasem lokalni oligarchowie przyjęli polski system podatkowy, zgodzili się na uznanie Trybunału Koronnego w Piotrkowie za instancję apelacyjną, wprowadzali język polski stopniowo do kolejnych dziedzin życia publicznego. Zdecydowanie przeciwko unifikacji występowały wielkie miasta pruskie: Gdańsk, Elbląg i Toruń, ponieważ nie chciał utracić swoich przywilejów nadanych jeszcze przez Kazimierza Jagiellończyka.
Il.: obraz Jana Matejki "Hołd pruski"
Bardzo dobry artykuł mam nadzieje że innym też się podoba