Budowę kościoła św. Mikołaja – patrona żeglarzy, rozpoczęto w roku 1246. Kolejne przebudowy zmieniały wygląd świątyni. Ostateczny jej kształt, znany z XVIII - wiecznych rycin został nadany w 1598 roku, a budowę hełmu ukończono dopiero na początku XVII wieku – 1603 rok.
Tak wyglądał ten obiekt do pamiętnego dnia 26 kwietnia 1777 roku, kiedy od uderzenia pioruna zapaliła się wieża kościoła. Pożar, którego nie udało się opanować zniszczył kościół, ratusz Starego Miasta oraz okoliczne budynku. Po tym zdarzeniu kościół został odbudowany w postaci mocno okrojonej, a wieżę uzyskał dopiero po 130 latach – w roku 1907.
Zniszczenia wojenne nie ominęły świątyni. Został spalony, ale zachowała się kratownicowa konstrukcja wieży. Odbudowa kościoła rozpoczęła się w latach 50-tych. W roku 1993 wieża została pokryta blachą miedzianą, a w 1999 dokonano remontu konstrukcji dachowej i wymianę poszycia.
Kościół św. Mikołaja jest miejscem, gdzie zgromadzono wiele interesujących obiektów zabytkowych z nieistniejących kościołów Elbląga i okolic. Warto wspomnieć o ołtarzu z kościoła w Kadynach czy dzwonach z kościoła św. Anny.
na zdjęciu: Kościół w dniu 26 kwietnia 1777 roku.