Początek lat dziewięćdziesiątych przyniósł poważne zmiany w kraju we wszystkich dziedzinach życia, także w kulturze. Pojawienie się gospodarki wolnorynkowej zmusiło Elbląskie Towarzystwo Kulturalne do poszukiwania nowych sposobów na prowadzenie działalności.
Dodatkowym problemem było utracenie przez organizację statutu instytucji państwowej finansowanej z budżetu państwa. Od tej pory było to tylko Towarzystwo skupiające ludzi, którzy sami chcieli działać dla rozwoju życia kulturalnego w Elblągu. Nowa sytuacja, w jakiej znalazła się organizacja, wymagała od jej członków więcej samodzielności i osobistego zaangażowania. Pojawiły się inne placówki kulturalne, które wyspecjalizował się w konkretnych dziedzinach.
ETK przede wszystkim skupiło się na kontynuowaniu prowadzonych od lat inicjatyw, do których elblążanie już się przyzwyczaili, np.: Międzynarodowy Festiwal Muzyki Organowej, Salon Elbląski oraz wydawanie „Biblioteczki Elbląskiej”. Salony Elbląskie organizowane były wraz z CS Galerią El, ale głównym organizatorem środków finansowych było ETK. W koncertach organowych co roku brało udział wielu słanych muzyków z całego świata: USA, Japonii, Włoch, byłego RFN i oczywiście z Polski. Niestety odkąd Elbląg przestał być miastem wojewódzkim, organizowanie koncertów organowych przestało być domeną ETK.W cyklu „Biblioteczki Elbląskiej” wydano książkę Jerzego Sekulskiego pt.: „Książka w Elblągu do roku 1772”, pracę Grzegorza Baranowskiego „Ulice Elbląga”, cykl o rzemiośle elbląskim autorstwa prof. Andrzeja Grotha, oraz pozycje: „Prawa i przywileje Starego i Nowego miasta Elbląga w średniowieczu” prof. Zenona Nowaka i prof. Janusza Tandeckiego, „Nowożytne malarstwo i rysunek w Elblągu do 1772 roku” dr Jacka Tylickiego.
Do bardzo ważnych, dla kulturalnego życia miasta, przedsięwzięć należy utworzenie, w 1991 roku, przez Ryszarda Tomczyka, kwartalnika „Tygiel”, którego został redaktorem naczelnym. W pierwszym zespole redakcyjnym znaleźli się również: Grzegorz Baranowski, Stanisław Franczak, Janusz Ryszkowski, Zbigniew Szmurło, Czesław Misiuk – fotograf. Głównym sponsorem wydawnictwa była Rada Miejska w Elblągu.
W 1993 roku ETK zorganizowało specjalny bal w byłym hotelu „Elzam”, na który zaproszono aktorów Teatru Muzycznego w Gdyni. Pomysł bardzo się spodobał i od tej pory niemal co roku organizowano tego typu spotkania. Pojawiły się również nowe inicjatywy, które nabrały cyklicznego charakteru. Od 1996 roku organizowane są „Elbląskie Dnie Muzyki Dawnej” na Podzamczu. Imprezę współorganizowały MDK i Muzeum. Na pierwszy koncert zaproszono sześć zespołów krajowych oraz dwa zagraniczne, kierownikiem muzycznym został Ryszard Skotnicki. Koncertom towarzyszyły pojedynki rycerskie, pokazy dawnych rzemiosł oraz staropolska biesiada. ETK w tym roku wydało również, własnym sumptem, trzy tomiki wierszy: „W ogrodzie jesteśmy” K. Kowalskiej, „Mitologie Stegny Gdańskiej” A. Lipniewskiego, „Dzień nad ciemną rzeką” M. Stokowskiego.
W 1996 roku ETK świętowało także XXX jubileusz swojego istnienia. Z tej okazji organizacja została wyróżniona Medalem XX – lecia Województwa Elbląskiego przez wojewodę Zdzisława Olszewskiego. Uroczystym obchodom towarzyszyły okolicznościowe koncerty w wykonaniu Orkiestry Bałtyckiej. Zorganizowano również wystawę pt.: „Salon Archiwalny”, na której prezentowane były prace plastyczne zgromadzone przez ETK w czasie jego działalności.
W 1997 roku Rada stowarzyszenia postanowiła skupić swoją działalność głównie na organizowaniu koncertów, ze szczególnym uwzględnieniem muzyki poważnej. Spotkania dla melomanów odbywały się w sali kominkowej Muzeum, Bibliotece Elbląskiej oraz w katedrze św. Mikołaja. Dla elblążan zagrała Filharmonia Bałtycka, Zespół Muzyki Kameralnej „Cantabile”, Orkiestra Szkół Muzycznych „Capella all antico” z elbląskiego MDK oraz wystąpili aktorzy Teatru Muzycznego w Gdyni. Postanowiono wykorzystać również muszlę koncertową, która znajduje się w „Bażantarni”. Koncerty zatytułowano „Spotkania z muzyką w Bażantarni”, jednak ze względu na złe warunki techniczne obiektu imprezę przeniesiono na Podzamcze.
ETK popularyzowało nie tylko muzykę poważną, ale również ambitną i ciekawą, stąd liczne koncerty muzyki operowej, jazzowej, poezji śpiewanej. Należy tu wymienić imprezę „W kręgu opery i operetki”, na którą zaproszono m.in.: Dorotę Kowalewską – Gzyl, Pawła Skałuba i Janusza Wojciechowskiego. W Elblągu ze swoim recitalem wystąpiła również Krystyna Prońko. ETK jest też współorganizatorem „Elbląskich Nocy Teatru i Poezji”, które już głęboko wrosły w życie kulturalne miasta.
Z okazji milenium śmierci św. Wojciech został zorganizowany szereg imprez religijnych i świeckich. Odbyła się konferencja naukowa pn.: „Pogranicze polsko – pruskie w czasach św. Wojciecha”, w której uczestniczyli archeolodzy, historycy krajowi oraz rosyjscy. Przedstawiono najnowszy stan wiedzy o tej, dawnej epoce oraz nowoczesne dokonania archeologiczne. ETK kontynuowało swoją działalność wydawniczą i dzięki jego staraniom na rynku księgarskim pojawił się „Przewodnik krajoznawczy z „myszką” po Wysoczyźnie Elbląskiej” Dariusza Bartona.
W 1998 roku prowadzono również szeroko zakrojoną działalność charytatywną. Zorganizowano koncert, z którego dochód został przekazany na paczki świąteczne dla dzieci z ubogich rodziny. We współpracy z Teatrem Dramatycznym, Młodzieżowym Domem Kultury, ówczesnym Wojewódzkim Ośrodkiem Kultury oraz CS Galerią El, przeprowadzono imprezę pn.: „Elblążanie Powodzianom”. Rozdawano również placówkom oświatowym komplety „Biblioteczki Elbląskiej”.
W 1999 r. zorganizowano dwanaście koncertów kameralnych, w których mieszkańcy miasta mogli zobaczyć głównie trójmiejskich i warszawskich artystów. Niewątpliwie najciekawszy był koncert oktetu bałałajek „Witebscy Wirtuozi” z Rosji. W 2000 roku obchodzono aż trzy jubileusze: 40-lecie CS Galerii El, 35 – lecie ETK oraz 100-letnia rocznica śmierci Verdiego. Uczczono je muzyczną imprezą pt.: „Gala Verdiowska”, na którą zaproszono chór oraz solistów Opery Bałtyckiej. W kawiarni „Czerwona Oberża” w „Cyklu przy kawie” dla mieszkańców miasta występowali elbląscy aktorzy i muzycy. Zorganizowano również imprezy dla młodych i zdolnych artystów pn.: „Promocje”. Z możliwości zaprezentowania się szerszej publiczności skorzystała Monika Kwiatkowska (śpiew), a także Piotr Goryszewski (plastyk). Impreza wywołała duże zainteresowanie, dlatego organizatorzy zdecydowali się kontynuować ją w kolejnych latach. W roku następnym z inicjatywy ETK odbyły się konkursy: wiedzy o Teatrze im. S. Jaracza, plastyczny dla uczniów szkół podstawowych pn.: „Zabytki architektury Elbląga i okolic” i ogólnopolski konkurs uczniów klas skrzypiec i altówki. Zorganizowano także dwie wystawy w „Czerwonej Oberży”.
Na pierwszej ekspozycji znalazły się najlepsze fotografie, jakie nadesłano na konkurs ogłoszony przez stowarzyszenie „Tolerancja”. Druga wystawa natomiast była poświęcona pracom Grażyny Komorowskiej. Oglądać można było obrazy wykonane na jedwabiu.
W 2002 roku na Podzamczu oprócz „Elbląskich Dni Muzyki Dawnej” wystawiono sztuki Szekspira w spektaklu zatytułowanym „Szekspir na Podzamczu”. „Dzieła wszystkie Szekspira” były jazzową adaptacją utworów angielskiego dramaturga. Reżyserem widowiska był Jarosław Ostaszkiewicz, a oprawą muzyczną zajął się Tymon Tymański. ETK wspólnie z Teatrem Dramatycznym poprowadziło spotkania edukacyjne dla dzieci i młodzieży w zakresie podstawowej wiedzy z dziedziny teatrologii. „Dni Elbląga” także dały sposobność placówce do przeprowadzenia kilku inicjatyw kulturalnym. Zorganizowano cykl plenerowych imprez muzycznych, a także konkursy i zabawy dla dzieci, które sfinansowało Towarzystwo, poprowadzili zaś artyści z Teatru.
W 2003 roku odbyło się osiem koncertów kameralnych oraz recital wokalny Piotra Łykowskiego. Zorganizowano też „Święto książki”, w trakcie którego odbyły się liczne spotkania z ludźmi pióra. W Bibliotece, jako imprezę towarzyszącą tej inicjatywie, otwarto wystawę elbląskich wydawnictw. Dla przedszkolaków, z kolei, w teatralnym kąciku bajek, miały miejsce „Spotkania z baśnią”. Dzieci mogły posłuchać opowieści o „Porwaniu profesora Baltazara Gąbki”, którą czytała Lucyna Legut. Swoje utwory baśniowe prezentowała też młodym słuchaczom W. Piasecka. W międzyczasie odbywały się konkursy i zabawy dla dzieci, w których można było wygrać nagrody.
Dla wszystkich mieszkańców miasta zorganizowano kiermasz książek elbląskich wydawnictw. Odbyła się charytatywna akcja pn.: „Książka za jeden uśmiech”, w której zbierano książki dla polskich bibliotek na Litwie. Wzdłuż ul. Wodnej i św. Ducha miały miejsce targi staroci połączone z plenerem plastycznym prowadzonym przez instruktorów z Młodzieżowego Domu Kultury. W pubach na Starym Mieście elbląscy aktorzy czytali fragmenty „Kabaretu metafizycznego” M. Getowskiej, „Piersi” Ph. Rhoda, „Gargantui i Pantagruela” Rabalaisego.
Wraz z Teatrem Elbląskie Towarzystwo Kulturalne zorganizowało „Tęczowe ferie w Teatrze”. Zajęcia odbywały się codziennie, dzięki temu dzieci i młodzież mogły poznać kulis pracy w Teatrze, zobaczyć, jak wygląda proces tworzenia spektaklu. W ramach edukacji teatralnej odbył się też cykl pn.: „Elbląska scena literacka”. Na spotkaniach swoją twórczość prezentowali znani autorzy, ale i młodzi, lokalni pisarze. Innym przedsięwzięciem było zorganizowanie kilku spektakli z serii „Teatr Dobrego Spotkania”, na które zaproszono teatry offowe z całego kraju.
