Bazylika św. Piotra w Rzymie, największa i najsłynniejsza świątynia chrześcijańska zbudowana została na przełomie XVI/XVII wieku w miejscu starochrześcijańskiej bazyliki z IV wieku. W tym miejscu prawdopodobnie poniósł śmierć męczeńską św. Piotr. W jej budowie wzięło udział wielu wybitnych architektów z okresu renesansu. Pierwszy projekt świątyni na planie krzyża greckiego z kopułą był dziełem Bramantego (1506), Raffaela, A. Da Sangallo i B Peruzziego, w jej budowę duży wkład pracy wniósł Michał Anioł który nadał jej mistyczny charakter i zaprojektował kopułę wieńczącą. Bazylika św. Piotra zawiera też liczne rzeźby jak postać Mojżesza i Pieta oraz freski Michała Anioła.
Tutaj od wieków znajdowało się centrum duchowe stolicy Apostolskiej. To miejsce, kościół św. Piotra i przyległy plac, miejsce spotkań z tysiącami pielgrzymów zapełnił się w dniu 8 kwietnia 2005 roku, 200 delegacjami z większości państw. Na pożegnanie Wielkiego Papieża – przybyli miedzy innymi prezydenci Stanów Zjednoczonych, król Hiszpanii z małżonką, prezydent Francji, książę Karol z Wielkiej Brytanii i król Jordanii także prezydent Ukrainy i ogromna delegacja z Polski, z prezydentami Lechem Wałęsą i Aleksandrem Kwaśniewskim i prawie milionową rzeszą pielgrzymów Delegacje znajdowały się na Placu św. Piotra. Pielgrzymi zajmowali pobliskie ulice, place, skwery. Wszędzie płonęły zniczy światła pożegnalne, powiewały flagi, wśród których przeważały barwy narodowe Polski. Ogromne telebimy sprawiały, że wszyscy mogli oglądać ceremonię pogrzebu ukochanego papieża z bliska. Dokładnie o godzinie dziesiątej rozpoczęła się Msza święta, pogrzebowa. Ojciec Święty leżał w niczym nie ozdobionej trumnie z drzewa cyprysowego. Na wierzchu trumny umieszczono krzyż i księgę Ewangelii. Początkowo otwartą księgę zamknął wiatr. W ceremoniach pogrzebowych brało udział stu kilkudziesięciu kardynałów , z polski kardynał Józef Glemp, prymas Polski; z Watykanu m. in. najbliższy Ojcu Świętemu, sekretarz osobisty abp Stanisław Dziwisz, kard. Eduardo Martinez Somalo, kard. Angelo Sodano, kard. Camillo Ruini, przedstawiciele wschodnich kościołów katolickich; greko-katolicy, koptowie.
Prefekt Kongregacji Wiary Kardynał Joseph Ratzinger wygłosił homilię pożegnalną. Uwydatnił w niej przymioty Jana Pawła II Wielkiego Papieża; zmarły był wypełniony miłością Boga i bliźniego, to sprawiło, że Jan Paweł II był przez wszystkich kochany- mówił kard. Ratzinger - był również humanistą, oprócz dokumentów ściśle związanych z posługą Kościoła napisał wiele książek z refleksji osobistych, dzielił się swoim doświadczeniem życiowym, pisał wiersze, poematy, sztuki teatralne. Był człowiekiem pięknego słowa, kochał teatr. Posługa Kościoła mieści się w najpiękniejszym „Słowie Życia”, „Piśmie Świętym” Jan Paweł II niósł ludziom „Pismo Święte”, mówił o miłości i miłosierdziu, i że zło nawet może stać się zaczynem dobrych owoców. Tutaj nawiązał do przebaczenia jakiego Ojciec Święty udzielił Ali Agcy, człowiekowi który w tym miejscu, na placu, strzelał do papieża w 1981 roku.
Wierni Kościoła Katolickiego w Polsce od chwili otrzymania wiadomości o śmierci modlili się w intencji Ojca Świętego na licznych nabożeństwach, ostatni hołd przed złożeniem ciała do grobu w grocie w podziemiach Bazyliki św. Piotra w Rzymie oddali 08.04.2005 roku. Wielu wyjechało na ostatnie pożegnanie do Wadowic, miejsca urodzenia Ojca Świętego. W Krakowie - pełne ludzi były Błonia Krakowskie, w Częstochowie - plac u stóp Jasnej Góry, w Gdańsku - czuwanie i Msza Św. przy krzyżach Solidarności, również w Olsztynie i Elblągu gdzie jak wszędzie rano i po południu we wszystkich kościołach i na placach związanych ze wspomnieniami z pobytu Ojca Świętego odbywały się msze święte.
W Elblagu wieczorną Mszę św. w Katedrze prowadził bp. Jan Styrna. W kazaniu nawiązał do homilii pożegnalnej kard. J. Ratzingera i do elbląskiej homilii Ojca Św. na Nabożeństwie Czerwcowym w 1999 roku. Mówił o posłudze miłości Ojca Świętego, lekturach jakie nam pozostawił, także o zadaniach jakie stawia przed nami kościół katolicki, że należy słuchać słów Bożych i wypełniać je. Msza św. przebiegała w nastroju pełnym powagi. Ojca świętego żegnały warty honorowe harcerze, wojsko, policja, straż pożarna, żegnali liczni wierni zarówno w świątyniach jak przy pomniku i krzyżach misyjnych. Tego dnia płonęło szczególnie dużo zniczy. Do południa ulice miast, miasteczek i wsi opustoszały, ponieważ wszyscy za pośrednictwem telewizji uczestniczyli we Mszy św. z Rzymu. Uroczystościom pożegnania towarzyszył żal i smutek z powodu śmierci wielkiego humanisty, świętego człowieka, najwyższego w godności przedstawiciela Kościoła, Polaka Jana Pawła II.
Ciało Ojca świętego złożone zostało w sarkofagu, w podziemiach Bazyliki Świętego Piotra w odpowiednio przygotowanej, trumnie, z dwóch rodzajów drzewa: cyprysa i orzecha, ocynkowanej i dodatkowo obitej blachą ołowianą z łacińskim napisem: Jan Paweł II Cały Twój „Totus Tuus” i herbem jaki nosił Ojciec Święty. Sarkofag znajduje się blisko miejsca, w którym złożono zwłoki pierwszego Apostoła Kościoła Katolickiego. Tak zakończyły się uroczystości pogrzebowe, ale w Watykanie i całym kościele katolickim jeszcze przez osiem dni odprawiane są Msze św. za duszę Ojca Świętego, Jana Pawła II który już teraz uważany jest za błogosławionego.