W katedrze Świętego Mikołaja od wieków przechowuje się relikwie Krzyża św. Otrzymał je Niemiecki Zakon Najświętszej Marii Panny w Jerozolimie, prawdopodobnie ok. 1228 roku, w czasie wyprawy do Ziemi Świętej. Po przeniesieniu Zakonu do Prus relikwie przechowywano początkowo na zamku elbląskim. Z czasem przeniesiono je do kościoła św. Mikołaja, gdzie każdego piątku Wielkiego Postu były wystawiane na ołtarzu głównym. Pierwotna oprawa relikwii nie zachowała się.
Nowy relikwiarz sporządzono w 1411 roku i ten zachował się do naszych czasów miał formę pacyfikału, około 60 cm wysokości. W 1945 roku kościół św. Mikołaja spłonął, a wraz z nim cenny pacyfikał z relikwiami, którego jednak fragmenty odnaleziono w czasie odgruzowywania terenu kościoła.
W 1971 roku parafia św. Mikołaja staraniem ks. prałata Mieczysława Józefczyka i ks. wikariusza Janusza Końca oddała relikwiarz do konserwacji i rekonstrukcji. Obecnie relikwie Krzyża św. są wystawione do codziennej adoracji w nawie bocznej, a katedra w 2000 roku otrzymała miano Sanktuarium Krzyża Świętego